Trung tâm được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Trung tâm Ứng dụng và Chuyển giao công nghệ, sáp nhập Trung tâm kỹ thuật tiêu chuẩn đo lường chất lượng và đổi tên thành TRUNG TÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ trực thuộc Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Phú Yên theo quyết định số 786/QĐ-UBND ngày 30/6/2022 của UBND tỉnh Phú Yên.